Link | Outline |
Dali server |
Comparing protein structures in 3D. This may reveal biologically interesting similarities that are not detectable by comparing sequences. |
Dali pairwise comparison |
Superimposing two particular structures |
PsiPred |
Protein secondary structure prediction |
Consurf |
Finding evolutionary conservation profiles for proteins of known structure in the PDB |
UCSF CHIMERA |
A program for the interactive visualization and analysis of molecular structures and related data, including density maps, sequence alignments, docking results, and trajectories. |
統合TV |
生命科学に関するツールを動画で学べます。
|
創薬等支援基盤プラットフォーム |
構造生物学のツールとデータベースを検索できます。 |
Sasaki Table |
X-ray Absorption and Emission Table |
HIC-Up |
Database for a low-molecular weight compound |
DichoWeb |
On-line analysis of protein CD spectrum |
Average B factors |
Lists some B-factor statistics. Either Choose a pdb-file, Or Choose your own file. |
What If Server tool |
Many useful tools for investigating a PDB coordinate file. |
ColabFold: AlphaFold2 using MMseqs2 |
Easy to use protein structure and complex prediction using AlphaFold2 and Alphafold2-multimer |
RoseTTAFold Google Colab Notebook |
Easy to use protein structure prediction using RoseTTAFold |
ProSA Z score |
The ProSA Z score is indicative of the overall protein structure quality and can be used to check whether the input structure is within the range of scores typically found for native proteins of similar size |
PDBePISA |
Interactive tool for the exploration of macromolecular interfaces. |
Windowsで行こう 構造生物学に関する備忘録 |
Pymol, CCP4-mgなど構造生物学的解析でよく使うソフトの使い方が詳しく書かれています。知りたいことが書かれていて、大変参考になります。 |
東京大学・農学部・酵素学研究室・リンク集 |
伏信進矢先生がまとめられたリンク集。迷ったらこのリンク集で手がかりを探します。非常に有り難い情報源です。 |
東京大学・農学部・酵素学研究室・マニュアル集 |
伏信進矢先生がまとめられたマニュアル集。プログラムを使用した記録を書いてくださっているので、とても有り難いです。 |